HistóriaPosteriormente, no contexto da segunda das Invasões holandesas do Brasil, as tropas luso-espanholas ergueram um pequeno forte destinado à defesa de Porto Calvo, visando dificultar o acesso de embarcações inimigas através do lagamar da Ratéia penetrar e da ria de Porto de Pedras, e daí subir o rio até defrontar a colina fortificada de Porto Calvo, a cerca de quarenta e dois quilômetros de distância, rio acima.
A ocupação européia de Porto de Pedras aglutinou-se em torno da sede da missão franciscana na chamada "Alagoas Boreal", estabelecimento dedicado à catequese dos Potiguares. Essa missão contava com o apoio de Christoffer Linz e seu irmão Sibad Linz que combatiam os indígenas da região. Mortos os guerreiros indígenas em combate, as suas mulheres e crianças eram conduzidas para a missão de Porto de Pedras.
Ver artigo principal: Fortificações do Bom Sucesso do Porto Calvo
Durante o conflito, a posse de Porto de Pedras alternou-se entre luso-espanhóis e neerlandeses. A primeira ocupação neerlandesa de Porto de Pedras registrou-se a 14 de Maio de 1633, quando a partir do lagamar da Ratéia a artilharia da esquadra fez fogo sobre a povoação e destruiu várias embarcações portuguesas ali ancoradas. Tendo oferecido resistência ao desembarque inimigo, a povoação foi incendiada pelos defensores, que se refugiaram em seguida pelos engenhos do interior ou em povoados vizinhos. Com a reconquista definitiva de Porto Calvo pelos portugueses, Porto de Pedras foi reconstruída.
Por alvará–régio datado de 5 de Dezembro de 1815, Porto de Pedras foi elevada à categoria de vila, desmembrada de Porto Calvo. Posteriormente, em 1864, Porto de Pedras perdeu a sua autonomia ao ser anexada a Passo de Camaragibe. Readquiriu a sua emancipação em 1868, mas apenas pela Lei 903 em 1921, tornou-se município